Ученики частной школы-пансиона "Логос", расположенной посреди мрачного леса, возвращаются после весенних каникул. Ребятам снова предстоит провести долгие дни в замкнутом мире закрытой школы. Но не только это волнует главных героев истории – старшеклассников Максима, Дашу, Вику, Рому и Андрея. Несколько месяцев назад друзья начали расследование загадочного исчезновения учителя истории. Они даже не подозревали, насколько опасными окажутся их поиски и к каким последствиям приведут.
После каникул ребята решают продолжить поиски правды. Как выяснилось, страшные события, происходящие в школе, напрямую связаны с Андреем и его младшей сестренкой Надей. Оказывается, мама Андрея и Нади когда-то воспитывалась в детском доме, который в прошлом располагался на территории "Логоса". Однако Андрей пока лишь в начале долгого пути к правде о своей семье, и эта правда страшнее самых ужасных догадок.
В новом сезоне к расследованию друзей подключается их одноклассница Юля. Но у самой Юли есть тайна, которую она боится рассказать: в школе ее преследует призрак мертвого мальчика. Разгадывая тайны прошлого, ребята пытаются разобраться и в своих чувствах. На смену юношеской влюбленности приходит почти взрослая любовь. Кто-то не может забыть старые привязанности, а кого-то захватывает новая страсть. И всем в какой-то момент придётся сделать непростой выбор между любовью и дружбой.
Не меньшие страсти кипят и среди взрослых обитателей "Логоса". Директор школы Елена Крылова из последних сил пытается сохранить свой брак с бывшим директором Виктором Поляковым. Виктора же больше волнуют его собственные тайны. Разобраться в них ему помогает заместитель директора школы Галина Васильевна, которая сама пытается исправить ошибки собственного прошлого. Однако, несмотря на все свои проблемы, Виктор не теряет надежды завоевать сердце уборщицы Марии. Сама Мария до сих пор не знает, как рассказать Максиму о том, что она его мать. Мария мечется между сыном и школьным поваром Володей. Жизнь Володи висит на волоске, ведь он так и не выполнил секретную миссию, ради которой когда-то приехал в "Логос". Во втором сезоне к уже полюбившимся героям "Закрытой школы" присоединятся другие персонажи. Но что привело их сюда? Какие тайны скрывает их прошлое? И главное – на чьей стороне будут играть новые герои в этой опасной игре? Ответы на эти вопросы – во втором сезоне "Закрытой школы". Пройдя через множество испытаний, пережив разочарования, измены и предательства, юные и взрослые обитатели "Логоса" смогут приоткрыть завесу тайны происходящего в школе. Но никто из них даже не представляет, какую цену придется заплатить за истину...